روزنامه نیویورک‌تایمز 6 اکتبر 2012 (15 مهر) در مقاله‌ای به برنامه هسته‌ای ایران پرداخت و نوشت: مقامات ایرانی روز شنبه گزارش نیویورک‌تایمز در مورد پیشنهاد «طرحی 9 مرحله‌ای» از سوی ایران برای حل‌وفصل مناقشه هسته‌ای را رد کردند و آن را «بی‌اساس» خواندند. روز جمعه نشریه تایمز به نقل از مقامات دولت اوباما که نخواستند نامشان فاش شود، گزارش داد ایران به دور از جنجال، طرحی را در ماه ژوئیه به مقامات اروپایی پیشنهاد کرده و طی آن، خواستار لغو تحریم‌های نفتی و اقتصادی علیه ایران شده است. و ایران نیز در مقابل، اعلام کرده است به‌تدریج تولید اورانیوم را به حالت تعلیق در خواهد آورد. ایران اعلام کرده است نیازمند اورانیوم با غنای 20 درصدی برای مصارف غیرنظامی و پزشکی است. اما مطابق این گزارش، به عنوان بخشی از طرح 9 مرحله‌ای، ایران پیام داده تمایل دارد تولید اورانیوم با غنای متوسط را متوقف کند.

در پایان مقاله آمده است: روز شنبه، سعید جلیلی، مذاکره‌کننده ارشد هسته‌ای ایران، به رسانه‌های دولتی گفت: ایران هرگز چنین پیشنهادی نکرده و آن را بی‌اساس خواند. سعدالله زارعی، ستون‌نویس روزنامه دولتی کیهان، گفت: «محمود احمدی‌نژاد در طول سفر اخیرش به مجمع عمومی سازمان ملل، گفت ایران آماده تعلیق غنی‌سازی بیست درصدی است، اما تنها آقای جلیلی مجاز به تصمیم‌گیری در مورد گفت‌وگوهای هسته‌ای است... بنابراین، هنگامی که او این موضوع را رد می‌کند، به معنای این است که هرگز «طرح 9 مرحله‌ای» وجود نداشته است.» بسیاری از رهبران و فرماندهان ایران، آقای احمدی‌نژاد را متهم کرده‌اند که از سفر ماه سپتامبر خود به سازمان ملل به منظور پیشبرد گفت‌وگوهای مستقیم با مقامات آمریکایی استفاده کرده که این موضوع در ایران تابویی سیاسی به‌شمار می‌رود. اطرافیان آقای احمدی‌نژاد چنین اتهاماتی را رد کرده‌اند. مطابق گزارش نشریه تایمز، طرح ایران خواستار لغو گام‌به‌گام تحریم‌ها و در عین حال، توقف فعالیت یکی از دو تأسیسات هسته‌ای بود که در آن، غنی‌سازی 20 درصدی صورت می‌گیرد. مقامات آمریکایی این طرح را به دلیل عدم کارایی رد کرده‌اند.